Utformning av avelsprogram
Kursvärdering
Andra kursvärderingar för HV0195
Läsåret 2023/2024
Utformning av avelsprogram (HV0195-30019)
2024-01-15 - 2024-03-19
Läsåret 2022/2023
Utformning av avelsprogram (HV0195-30140)
2023-01-16 - 2023-03-21
Läsåret 2021/2022
Utformning av avelsprogram (HV0195-30001)
2022-01-17 - 2022-03-23
Kursplan och övrig information
Kursplan
HV0195 Utformning av avelsprogram, 15,0 Hp
Designing breeding programmesÄmnen
Lantbruksvetenskap HusdjursvetenskapUtbildningens nivå
Avancerad nivåModuler
| Benämning | Hp | Kod |
|---|---|---|
| Diskussioner | 1,0 | 0102 |
| Övningar | 3,0 | 0103 |
| Projekt | 3,0 | 0104 |
| Skriftlig tentamen | 8,0 | 0105 |
Fördjupning
Avancerad nivå, har endast kurs/er på grundnivå som förkunskapskravAvancerad nivå (A1N)
Betygsskala
Kraven för kursens olika betygsgrader framgår av betygskriterier, som ska finnas tillgängliga senast vid kursstart.
Språk
EngelskaFörkunskapskrav
180 hp på grundnivå, varav • 7 hp genetik • 7,5 hp statistiksamt Engelska 6
Mål
Kursen ger studenten fördjupade kunskaper i praktisk husdjursavel och god kontakt med husdjursgenetiker.
Efter avslutad kurs ska studenten kunna:
beskriva hur avelsorganisationer arbetar och förklara varför dagens avelsprogram ser ut som de gör,
skatta genetiska parametrar, avelsvärden och genetiskt framsteg,
konstruera avelsprogram för husdjur av olika art, i olika miljöer och typer av produktionssystem,
bedöma avelsprogram för husdjur med avseende på olika hållbarhetsaspekter och föreslå konkreta åtgärder för att förbättra dessa program,
kritiskt granska vetenskaplig litteratur i husdjursavel.
Innehåll
Kursen ger kunskaper som är tydligt tillämpbara i verkliga avelsprogram. Kursen ger en översikt av hållbarhetsbegreppets tillämpning i husdjursavel. Exempel på föreläsningsämnen är avelsmål, ekonomiska vikter och avelsvärdering, genomisk selektion genetisk variation.
Studenten befäster sina kunskaper genom gruppdiskussioner kring vetenskaplig litteratur med anknytning till föreläsningarna. I ett projekt, som utförs i grupp, gör studenterna en hållbarhetsutvärdering av ett realistiskt avelsprogram. I projektet ingår en etisk diskussion av avelsarbetet.
Studenten tränar sin färdighet i statistik under hela kursen, att använda vid tentamen och i det kommande yrkeslivet. Studenten tränar parameterskattning, avelsvärdering och skattning av genetiskt framsteg i datorövningar. Resultat från datorövningarna används också i projektet.
Obligatoriska moment förekommer inom t.ex. övningar, grupparbeten och diskussioner.
Betygsformer
Kraven för kursens olika betygsgrader framgår av betygskriterier, som ska finnas tillgängliga senast vid kursstart.Examinationsformer och fordringar för godkänd kurs
Godkänd skriftlig och muntlig examination. Godkänt deltagande i obligatoriska moment.
- Examinatorn har, om det finns skäl och är möjligt, rätt att ge en kompletteringsuppgift till den student som inte blivit godkänd på en examination.
- Om studenten har ett beslut från SLU om riktat pedagogiskt stöd på grund av funktionsnedsättning, kan examinatorn ge ett anpassat prov eller låta studenten genomföra provet på ett alternativt sätt.
- Om denna kursplan läggs ned, ska SLU besluta om övergångsbestämmelser för examination av studenter, som antagits enligt denna kursplan och ännu inte blivit godkända.
- För examination av självständigt arbete (examensarbete) gäller dessutom att examinatorn kan tillåta studenten att göra kompletteringar efter inlämningsdatum. Mer information finns i utbildningshandboken.
Övriga upplysningar
- Rätten att delta i undervisning och/eller handledning gäller endast det kurstillfälle, som studenten blivit antagen till och registrerad på.
- Om det finns särskilda skäl, har studenten rätt att delta i moment som kräver obligatorisk närvaro vid ett senare kurstillfälle. Mer information finns i utbildningshandboken.
Ytterligare information
Kursen förutsätter kunskaper om grundläggande husdjursavel och genetik.Ansvarig institution/motsvarande
Institutionen för husdjurens biovetenskaper
Medansvariga:
Kompletterande uppgifter
Litteraturlista
LITERATURE LIST, DESIGNING BREEDING PROGRAMMES HV0195
Some additional reading may be provided to you during the course, mainly optional articles that will be posted in our virtual classroom Canvas, that you will get access to at the start of the course.
BACKGROUND KNOWLEDGE
(for those that need an update this is strongly recommended to read before or early during the course)
Kor Oldenbroek and Liesbeth van der Waaij, 2015. Textbook Animal Breeding and Genetics for BSc students. Centre for Genetic Resources The Netherlands and Animal Breeding and Genomics Centre, 2015. Groen Kennisnet: https://wiki.groenkennisnet.nl/display/TAB/Textbook+Animal+Breeding+and+Genetics
BREEDING GOAL, ECONOMIC WEIGHTS
Groen A.F., Steine, T., Collea, J-J., Pedersen, J., Pribyl, J., Reinsch, N. 1997. Economic values in dairy cattle breeding, with special reference to functional traits. Report of an EAAP-working group. Livestock Production Science 49, 1-21. Canvas
Wolfova, M., Wolf, J. 2013. Strategies for defining traits when calculating economic values for livestock breeding: a review. Animal 7:9, pp 1401–1413. Canvas Canvas
Compendium and statistical methods (Strongly recommended to read early during the course)
Compendium: Genetic evaluation (36 pp) with Appendix. Canvas
Compendium: Selection and genetic change (22 pp), with Appendix. Canvas
Compendium: Statistical methods in animal breeding (35 p). Canvas
Zuur A.F., Ieno, E.N., Elphick, C.S. 2010. A protocol for data exploration to avoid common statistical problems. Methods in Ecology & Evolution 2010, 3–14. Canvas
CROSSBREEDING
Sørensen, M.K., Norberg, E., Pedersen, J. and Christensen, L.G. 2008. Invited Review: Crossbreeding in Dairy Cattle: A Danish Perspective. J. Dairy Sci., 91:4116-4128. Canvas
Clasen, J.B., Kargo, M. Østergaard, S., Fikse, W.F., Rydhmer, L., Strandberg, E. 2021. Genetic consequences of terminal crossbreeding, genomic test, sexed semen, and beef semen in dairy herds. J. Dairy Sci. 104:806-807. Canvas
Van Vleck, L.D., Pollak, E.J., Branford Oltenacu, E.A. 1987. Genetics for the Animal Sciences. W.H. Freeman and Company, New York. Pp 357-368. Canvas
ETHICS, BEHAVIOR, LONGEVITY
Eriksson, S., Jonas, E., Rydhmer, L., Röcklinsberg, H. 2018. Invited review: Breeding and ethical perspectives on genetically modified cattle. J. Dairy Sci. 101, 1-17. Canvas
Neeteson-van Nieuwenhoven, A.M., Merks, J., Bagnato, A., Liinamo, A.-E. 2006. Sustainable transparent farm animal breeding and reproduction. Livestock Science 103, 282–291. Canvas
Röcklinsberg, H., Gamborg, C., Gjerris, M., Rydhmer, L., Tjärnström, E., Wallenbeck, A. 2016. Understanding Swedish dairy farmers’ view on breeding goals - ethical aspects of longevity. In Olsson et al. Food futures: ethics, science and culture. 13th Congress of the European Society for Agricultural and Food Ethics, Porto, 28 Sept 1 - Oct 2016. Canvas
GENETIC MODIFICATIONS
Jenko, J., Gorjanc, G., Cleveland, M.A., Varshney, R.K., Whitelaw, C.B.A., Woolliams, J.A., Hickey, J.M. 2015. Potential of promotion of alleles by genome editing to improve quantitative traits in livestock breeding programs. Genetics Selection Evolution 47-55. Canvas
GENOMIC SELECTION, MAS
Dekkers, J.C.M. 2004. Commercial application of marker- and gene-assisted selection in livestock: Strategies and lessons. J. Anim. Sci. 82:E313-328. Canvas
García-Ruiz, A., Cole, J.B., VanRaden, P.M., Wiggans, G.R., Ruiz-López, F.J., and Van Tassell, C.P. 2016. Changes in genetic selection differentials and generation intervals in US Holstein dairy cattle as a result of genomic selection PNAS July 12, 2016. 113 (28) E3995-E4004. Canvas
Jonas, E & deKoning, DJ, 2015. Genomic selection needs to be carefully assessed to meet specific requirements in livestock breeding programs. Frontiers in Genetics. Volume 6, Article 49, 1-8. Canvas
Meuwissen, T., Hayes, B. 2016. Genomic selection: A paradigm shift in animal breeding. Animal Frontiers, Vol. 6, No. 1. Canvas
Sonesson, A.K, Ødegård, J. 2016. Mating structures for genomic selection breeding programs in aquaculture. Genetics Selection Evolution 48:46. Canvas
GENOTYPE BY ENVIRONMENT INTERACTIONS
Hammami, H., Boulbaba, R and Gengler, N. 2009. Genotype by environment interaction in dairy cattle. Biotechnol. Agron. Soc. Environ. 13(1), 155-164. Canvas
SUSTAINABLE BREEDING, GENETIC RESOURCES
Djekic, I.V., 2021. Meat supply chain in the perspective of UN SDGs. Theory and practice of meat processing. 2021;6(3):242-247. https://doi.org/10.21323/2414-438X-2021-6-3-242-247 Canvas
EFFAB, 2020. European forum of farm animal breeders. Read about CODE-EFABAR at http://www.responsiblebreeding.eu/. Canvas (link)
FAO, 2010. Breeding strategies for sustainable management of animal genetic resources. FAO Animal production and health guidelines. No. 3. Rome; Section D Developing straight-breeding programmes and Section E Developing cross-breeding programmes. (Pages 67-87). Available on http://www.fao.org/docrep/012/i1103e/i1103e.pdf Canvas (link).
GenTORE, 2021. Supporting farmers to get the right balance between resilience and efficiency. Resilience + efficiency = Sustainability GenTORE Video: https://www.youtube.com/watch?v=6a5QEtbLaig (NOTE: there are more videos from researchers within GenTORE to be found on youtube if you are interested).Olesen, I., Groen, A.F. and Gjerde, B. 2000. Definition of animal breeding goals for sustainable production systems. J. Anim. Sci. 78: 570-582. Canvas
Rydhmer, L, Zira, S, Hoffman, R, Röös, E. 2022. Defining better breeding goals with sustainability assessments. Practice abstract. GenTORE. https://mcusercontent.com/115e344f8d49820b7452d8f90/files/a7e554cd-dbef-91d6-c597-dd548c0f49b3/WP6_PA4_v2.pdf. Canvas
Woolliams, J, Berg, P, Mäki-Tanila, A, Meuwissen, T, Fimland, E. 2005. Sustainable management of animal genetic resources. Nordic gene bank farm animals. Norway. ISBN 82-997123-1-9. (A number of books will be available to borrow from the course leader.)
USE OF REPRODUCTION TECHNOLOGIES
Gordon, IR. 2017. Reproductive Technologies in Farm Animals. 2nd edition. CABI Publishing. EBOOK ISBN 9781786392626. Available on internet. Chapter 1.3-1.3.5, 1.3.9. (Current RTs); 2.1-2.1.5 (AI); 2.2.3 (Cryo preservation semen)*; *2.3 (intro), 2.3.3-2.3.4 (Semen sexing); 3-3.1.3 (Embryo transfer); 3.3-3.3.1 (Application ET); 4.1 (Intro, not 4.1.1-) (In vitro embryo prod.); 12.4 (DNA Technology, read to get an overview, not all details). Read online: ProQuest Ebook Central - Detail page, you need to be logged in as SLU student (if from home via VPN).
Kashinatan, P., Wei, H., Xiang, T., Molina, J. A., Metzger, J., Broek, D., Kasinathan, D., Faber, D.C., Allan, M.F. 2015. Acceleration of genetic gain in cattle by reduction of generation interval. Scientific Reports 5: 8674. Canvas
AQUACULTURE
(Useful for your project work!)
Carlberg, H., J. Nilsson, E. Brännäs, and A. Alanärä, 2018. An evaluation of 30 years of selective breeding in the Arctic charr (Salvelinus alpinus L.) and its implications for feeding management. Aquaculture 495: 428–434. Canvas
Gjedrem, T., and M. Rye, 2018. Selection response in fish and shellfish: a review. Reviews in Aquaculture 10: 168–179. Canvas
Houston, R. D., Y. H. Jin, T. L. Jenkins, S. L. C. Selly, S. A. M. Martin et al., 2020. Harnessing genomics to fast-track genetic improvement in aquaculture. Nature Reviews Genetics 21:389-409. Canvas
Kause, A., A. Nousiainen, and H. Koskinen, 2022. Improvement in feed efficiency and reduction in nutrient loading from rainbow trout farms: the role of selective breeding. Journal of Animal Science 100: skac214. Canvas
Vandeputte, M., G. Corraze, J. Doerflinger, F. Enez, F. Clota et al., 2022. Realised genetic gains on growth, survival, feed conversion ratio and quality traits after ten generations of multi-trait selection in rainbow trout Oncorhynchus mykiss, fed a standard diet or a “future” fish-free and soy-free diet. Aquaculture Reports 27: 101363. Canvas