Genomanalys
Information från kursledaren
Dear students,
Welcome to the course in Genome Analysis BK0002 2024. The preliminary schedule is now posted on the course web site. There will be a mixture of lectures, Group discussions, Computer exercises, and a Wet Lab project. All teaching marked in bold are mandatory. Additional information will be posted in Canvas closer to the start of the course.
The first mandatory teaching occation with a course introduction will be given Monday 2 Sep at 8.00 in Lecture hall O2, located in the main teching building at Ultuna, Uppsala.
The course is given on campus, although some activities may be digital. Computer exercises include download of software, why a private laptop is necessary. Please let me know if you do not have access to a laptop of your own.
The course is given in combination with the GS-VMAS courses Biology of Genomes (P000043), and Analysis of Genomes (P000042).
/See you soon,
Sofia Mikko, Course Leader
Kursvärdering
Kursvärderingen är avslutad
BK0002-10089 - Sammanställning av kursvärdering
Efter att kursvärderingen stängt har kursansvarig och studentrepresentanten upp till en månad på sig att skriva kommentarer. De publiceras automatiskt i sammanställningen.
Andra kursvärderingar för BK0002
Läsåret 2023/2024
2023-08-28 - 2023-10-30
Läsåret 2022/2023
2022-11-01 - 2023-01-15
Läsåret 2021/2022
2021-11-02 - 2022-01-16
Kursplan och övrig information
Kursplan
BK0002 Genomanalys, 15,0 Hp
Genome analysisÄmnen
Bioinformatik Biologi BioinformatikUtbildningens nivå
Avancerad nivåModuler
Benämning | Hp | Kod |
---|---|---|
Laboratorieprojekt | 5,0 | 0105 |
Datorövningar | 3,0 | 0106 |
Gruppdiskussioner | 3,0 | 0107 |
Skriftlig och muntlig examination | 4,0 | 0108 |
Fördjupning
Avancerad nivå, har endast kurs/er på grundnivå som förkunskapskravAvancerad nivå (A1N)
Betygsskala
Kraven för kursens olika betygsgrader framgår av betygskriterier, som ska finnas tillgängliga senast vid kursstart.
Språk
EngelskaFörkunskapskrav
- 180 hp på grundnivå, varav- 60 hp biologi eller husdjursvetenskap eller hippologi eller djuromvårdnad eller veterinärmedicin alternativt
- 60 hp lantbruksvetenskap (varav minst 30 hp husdjursvetenskap/zoologi)
Samt
- Engelska 6
Mål
Kursen avser att ge fördjupad kunskap om metoder för studier av uppbyggnad och evolution av eukaryota genom. Kursinnehållet är inriktat mot genomanalys på husdjur men metoder och teori är tillämpbara på flertalet organismer.
Efter avslutad kurs ska studenten kunna:
utförligt beskriva uppbyggnad, diversitet och evolution av olika eukaryota genom och gener,
utförligt beskriva olika typer av genetisk variation,
utförligt förklara aktuella storskaliga metoder för analys av genetisk variation (t.ex. helgenomsekvensering) och variation av genuttryck (t.ex. RNA-seq),
tillämpa och kritiskt bearbeta grundläggande molekylär fylogenetik-/genomik och evolutionär analys,
i detalj beskriva transkriptomets olika typer av RNA och deras funktion,
beskriva principer för transkriptionell reglering,
beskriva och planera olika tillvägagångssätt för funktionell analys av gener och genom,
sammanfatta genetisk rekombination och dess applikationer inom genomanalys,
sammanfatta och värdera principerna för kartläggning av hela genom och jämförande genomik för att identifiera gener och loci som orsakar enkelt och kvantitativt nedärvda sjukdomar, såväl som viktiga fenotypiska egenskaper,
förklara epigenetiska och epigenomiska markörer och metoder för analys av dessa,
förklara innebörden och begreppen genomeditering och transgena djur,
ställa samman data och tillämpa grundläggande statistik relevant för genomanalys,
använda och värdera laborativa metoder inom molekylär genetik och grundläggande bioinformatisk metodik.
Innehåll
Kursen bygger på föreläsningar, övningar, diskussioner och laborationer. Innehållet bygger till stor del på genomforskning på djur. Såväl laborativ som teoretisk undervisning är till största del direkt tillämpbar även inom t.ex. human- och växtgenomik. Kursen baseras på aktuell metodik och forskning.
Datorövningar och gruppdiskussioner täcker:
molekylär evolution och fylogenetik/-genomik,
genetisk variation, sekvensanalys och primerdesign,
genkartläggning och helgenomassociationsstudie (GWAS),
analys av loci för kvantitativa egenskaper (QTL),
helgenomsekvensering,
epigenetik/-genomik,
genomisk kopietalsvariation.
Målet med datorövningarna är att ge studenterna användbara verktyg för genetisk och genomisk analys. Därför används öppna och kostnadsfria mjukvaror vid datorövningarna så att studenterna kan använda sina egna datorer. Förutom i den skriftliga och muntliga examinationen förekommer obligatoriska moment inom t.ex. övningar, grupparbeten och laborationer.
Inom kursen tränas följande generella kompetenser: muntlig och skriftlig kommunikation, problemlösning och kritiskt tänkande.
Betygsformer
Kraven för kursens olika betygsgrader framgår av betygskriterier, som ska finnas tillgängliga senast vid kursstart.Examinationsformer och fordringar för godkänd kurs
Godkänd skriftlig och muntlig examination. Godkänt deltagande i obligatoriska moment.
- Examinatorn har, om det finns skäl och är möjligt, rätt att ge en kompletteringsuppgift till den student som inte blivit godkänd på en examination.
- Om studenten har ett beslut från SLU om riktat pedagogiskt stöd på grund av funktionsnedsättning, kan examinatorn ge ett anpassat prov eller låta studenten genomföra provet på ett alternativt sätt.
- Om denna kursplan läggs ned, ska SLU besluta om övergångsbestämmelser för examination av studenter, som antagits enligt denna kursplan och ännu inte blivit godkända.
- För examination av självständigt arbete (examensarbete) gäller dessutom att examinatorn kan tillåta studenten att göra kompletteringar efter inlämningsdatum. Mer information finns i utbildningshandboken.
Övriga upplysningar
- Rätten att delta i undervisning och/eller handledning gäller endast det kurstillfälle, som studenten blivit antagen till och registrerad på.
- Om det finns särskilda skäl, har studenten rätt att delta i moment som kräver obligatorisk närvaro vid ett senare kurstillfälle. Mer information finns i utbildningshandboken.
Ytterligare information
Kursen förutsätter goda förkunskaper om grundläggande genetiska mekanismer (arvsmassans struktur och den genetiska koden, DNA-replikation, transkription), RNA-processning, translation, reglering av genexpression, allmän genetik och populationsgenetik, motsvarande 7,5 hp.Ansvarig institution/motsvarande
Institutionen för husdjursgenetik
Kompletterande uppgifter
Litteraturlista
Genomes 5 (T. Brown, 5e) – Highly Recommended
Human Molecular Genetics (Tom Strachan, 5e) – Highly Recommended